華大揭秘口腔菌群全貌：登上Nature子刊！
近日，深圳華大生命科學研究院在國際學術期刊《自然》子刊（npj Biofilms and Microbiomes）發表了題為“A catalog of bacterial reference genomes from cultivated human oral bacteria”的大規模口腔微生物資源的最新研究成果，構建了包括1089株人體口腔可培養菌株的高質量基因組集合，揭示了口腔可培養細菌的全貌。
我們的口腔是各種微生物的家園，是僅次于腸道的人體第二大微生物棲息地。多樣且復雜的口腔微生態系統與人體的健康及疾病密切相關，一旦口腔微生物組生態失衡則很有可能誘發多種疾病，包括齲齒、牙周炎等口腔疾病，以及II型糖尿病、心血管疾病、類風濕性關節炎等全身性疾病。
然而，對于這些菌群的研究仍然面臨許多挑戰，因為其中的許多菌種尚未被鑒定和分類。培養組學是一種利用大規模培養的策略，對獲得大量微生物代表菌株資源、破譯未知人類微生物具有重要作用，可以在某些方面彌補宏基因組學方法的不足。華大研究團隊長期致力于通過培養的手段，對人體共生微生物進行大規模研究，前期的腸道微生物資源庫構建在《自然·生物技術》（Nature Biotechnology）和《自然·通訊》（Nature Communications）發表。
在這次研究中，華大團隊對來自唾液、舌苔、牙菌斑三個部位共計39個樣本的細菌，進行了大規模的分離和培養，培養得到超過2000個口腔細菌菌株，并通過基因測序技術分析了這些菌的基因組，最終獲得1089個高質量基因組。其中包含的基因組數據涵蓋了人體口腔微生物的195個物種，其中將近一半的物種，是之前未曾被分類學表征過潛在新種，進一步填補了口腔培養組資源的空白。
圖：口腔培養細菌基因組參考目錄（COGR）基因組圖譜
這項研究的主要作者之一，鄒遠強博士表示：“我們的研究揭示了口腔微生物的多樣性，特別是那些尚未被分類的未知菌種。我們對這些菌種進行了基因組測序和功能預測，發現它們具有許多獨特的生理代謝特征。我們希望通過進一步的研究，揭示它們在口腔健康和疾病中的作用。我們的研究還揭示了口腔菌群在不同個體之間的顯著差異，這可能會為個性化的口腔健康管理提供新的思路。”
肖亮博士也強調，雖然構建的參考目錄已經非常全面，但我們仍然需要繼續探索和研究。他說：“我們相信，我們的工作只是開啟了一個新的章節，未來還有更多的未知等待我們去發現和理解。”
為了便于全球的科研工作者使用，這份“人類口腔培養細菌基因組參考目錄 (COGR)”，我們也可以稱之為“口腔微生物的百科全書”，已經對外公開，任何人都可以在網上免費獲取和使用這份目錄。
雖然我們的口腔里有這么多的微生物，但并不是所有的微生物都是壞的。相反，大多數微生物都是我們身體的好朋友，它們幫助我們消化食物，保護我們的口腔健康，比如唾液鏈球菌，是口腔中的一類有益菌，合成的唾液分泌素可抑制口腔病原體的生長；另外這次研究還發現口腔內的微生物可以對膳食纖維進行初步的消化，打破了以往膳食纖維要被腸道內微生物消化的認知。
現在，越來越多人對口腔健康有了更多的理解和更高的要求。而想要調節和改善口腔的菌群環境，解決口腔菌群失衡的問題，最直接、最有效的方法，就是增加口腔有益菌的豐度。華大營養作為華大旗下專注菌群科研成果轉化的全資子公司，依托華大生命科學研究院在菌群和健康關聯性的研究成果，已開發針對腸道菌群健康管理的益生菌品牌-優美達，而本次的口腔菌群的研究發現，將為華大營養后續進行人體口腔菌群的體外功能深入挖掘、口腔益生菌等功能產品開發，提供大量的基礎研究和數據資源，相信在不久的未來，華大營養就會帶來科研成果到產業轉化的好消息！
